柯文哲翻4月21日公文回击中央 林亮君提4质疑：哪家医院疫苗过多？
台北市好心肝诊所8日爆出违规施打新冠疫苗争议，中央流行疫情指挥中心9日晚间表示，尚未许可基层诊所提供新冠疫苗接种服务；而台北市长柯文哲则于10日翻出4月21日公文，回击「北市府的作为是有所本。」不过，台北市议员林亮君针对此份公文，提出4点质疑，认为柯文哲留下更多疑问，「是真的有心想要说明白吗？」
关于公文争议，起于指挥中心9日晚间对外表示，好心肝诊所的医护人员多已至院外接种新冠疫苗，而指挥中心也尚未许可基层诊所提供新冠疫苗接种服务，台北市政府竟无视相关规定，任意将多达1000多剂疫苗拨给该诊所，既违反规定，也不合情理。
事隔一日，柯文哲10日上午临时召开记者会表示，目前北市有6家诊所，总计获配202瓶疫苗，包括好心肝诊所于6月7日获配15瓶、并于8日再获配100瓶。和众诊所则于6月8日获配2瓶。此外拥有大安、民权、士林、怀宁四个分所的小禾馨诊所，则于5月31日至6月8日间，共计获配85瓶疫苗。
柯文哲说，北市卫生局之所以配发给前述6家基层诊所，是依据中央疾管署的函文（疾管防字第1100200253号），公文中详述「若合约医院新冠疫苗库存量过多，评估无法于期限内用毕，为使疫苗有效运用，可在辖区卫生局人员协助下，将疫苗配送至其他合约医院、非合约医疗诊所或卫生所，需要者尽速使用」。
柯文哲强调，一开始国内疫情平稳时，疫苗施打率普遍不高，但国内疫情在5月15以来急转直下，因此中央或地方政府防疫政策也一直滚动修正，北市府的作为是有所本，且根据中央单位函文，也提醒中央政府相关单位不要忘记。
面对柯文哲拿出4月21日的公文作为疫苗配分依据，林亮君10日中午表示，公文里清楚说明必须符合以下条件，第一「合约医院新冠疫苗库存量过多」、第二「评估无法于效期内用毕」，然后可以在辖区卫生局人员协助下，配送至合约医院、非合约医疗院所、卫生所。
林亮君提出4点问题，首先4月21日的卫福部公文，是由于当时疫情尚未爆发，国人施打疫苗意愿较低，希望疫苗不要存在医院里没人打，最后过期而浪费5月30日就要到期的疫苗，所以请地方政府协助视情况调整配发，但现在众多医事人员都还没办法获得接种，绝对不会有过期问题。
林亮君提及，第二，中央于6月1日配发台北市的5万4000剂疫苗，效期是到8月31日。第三，哪几家合约医院的疫苗库存量过多？所以这些配送到诊所的疫苗，是由合约医院的额度调过来的？
林亮君说，第四，如果真的需要调整配发，配送地点有3个选择，为什么不选择配到其他合约医院？就她所知北市联医的疫苗都打完了，北市府可以配给已打完合约医院，让对方可以再度帮忙进行一到三类人员的疫苗接种，也可以配到几个疫情比较严重的行政区健康中心，「但为什么市府选择配发给其他的医疗院所？至今仍然没有解答。」
最后，林亮君痛批，北市府召开了临时记者会，短短10分钟，柯文哲花了不到三分之一的时间，向市民说明诊所的疫苗事件，却却留下更多疑问，也不让媒体提问，市府是真的有心想要说明白吗？