批军方侵犯统帅权？ 张善政强调没有用命令：用词尊重总统
宪兵违法搜索一案，行政院长张善政7日召开记者会发表声明，批评军方决策到执行都有问题，并呼吁相关主管暂时调离现职、静候调查，引来外界质疑「越权」。对此，张善政8日受访时强调，「没有用命令或指示」，都是说国防部「应该」把哪些人调离现职、我们的想法怎么样，「用词上面是保留总统的权限。」
张善政7日将砲口对内，表示宪兵违法搜索一案已进入司法调查，为了顺利调查，国防部应该把相关主管暂时调离现职、静候调查，「知情的最高主管静候调查」；由于案情受到民众高度关注，他也呼吁检察官在不影响案情的情况下适时对外说明；第三，台湾已经脱离白色恐怖很久了，应该没有白色恐怖的疑虑，这回调查的又是50年前的文件，质疑这决策的妥适性有待商榷。
最后，张善政批评执行的宪指部，他说，有文件的对象牵涉到民间，民众家中，不是部队里面的案子，不是适合由部队动作，直言理想的做法应该是透过检察官体系，由检调调查，反复抨击国防部。
但此举却引来外界批评，因根据我我国宪法规定，三军统帅为总统马英九，张善政跳出来对隶属陆军的宪兵队提出质疑恐有越权疑虑。对此，张善政8日在入立院备询前受访指出，他的说法都是说国防部「应该」把一些人调离现职、想法怎样，「都没有用命令或指示，用词上保留总统权限。」
张善政说，跟总统商讨时，总统也非常清楚会跟国防部另外下指令，所以他的用词有尊重总统跟国防部职权；他特别强调，军方人事调动是总统职权，国防部怎调整，应该是国防部跟总统确认。