国民党再爆：吴茂昆曾任中国大陆学术顾问
台湾大学校长当选人管中闵迟未上任，教育部长潘文忠在14日决定请辞，盼别再政治操作。行政院16日傍晚召开记者会，宣布由中硏院院士、东华大学前校长吴茂昆接任教育部长。吴茂昆17日被爆料，曾经担任中国大陆高等科学技术中心顾问委员会委员、中国大陆科学院高能物理研究所实用化高温超导材料产学研合作组顾问委员会委员等两个中国官方资助的研究机关顾问，时间长达数年。
国民党17日上午拿出两份2010年出任「中国高等科学技术中心顾问委员会委员」凝聚态物理类委员资料，以及2016年4月中国科学院高能物理研究所「实用化高温高导材料产学研合作组」顾问资料，证明吴茂昆都曾以顾问身分参与。
洪孟楷指出，由中国大陆科学院、财政部、国家自然科学基金委员会等机关支持的中国大陆高等科学技术中心，吴茂昆从2010年4月开始担任该中心顾问委员会「凝聚态物理」顾问，期间横跨他担任东华大学校长期间，但该机关官网介绍页面，已经在今年3月配合转为无效页面，「此地无银三百两」。
洪孟楷质疑，在蔡政府上台后的2016年10月19日，吴茂昆还到北京参加中国大陆科学院高能物理研究所「实用化高温超导材料产学研合作组」成立大会，并担任该合作组顾问委员会委员，而且根据当年新闻资料显示，该合作组会议计划每3个月召开一次，因此他合理怀疑吴茂昆已经至少到过对岸参加5次会议，
洪孟楷质问吴茂昆，过去是否有受中国财政部支助？为中国大陆科学交流做出贡献？是否曾经有向教育部报备，还是隐匿？「如果不让管中闵上任，吴茂昆也别想就职，一个国家不能有两套标准，请吴茂昆出来面对，也请蔡英文政府出来说清楚讲明白」。