「六零六专案」成指挥调查局的政治工具？ 国安会否认
国家安全会议3日表示，香港《亚洲周刊》6月29日刊登的笔锋评论「台北整合情治，反成政争工具」，内文指称前总统陈水扁执政时期为整合情治系统设立的「六零六专案」，沦为「国安会秘书长直接下令调查局监控在野党(的工具)」等，皆为不实报导，国安会强力谴责。
周刊报导，「六零六专案」成立后，第一次开会在阳明山麓的「天籁温泉」会馆，国安会与国安局一级主管都到场，连同眷属亦一并与会，席间却成为时任国安局长薛石民向国安会秘书长邱义仁表态的大会，同时也「正式宣告国安会将指挥权力伸入到国安局的情报运作之中。」
对于这样的会议，因为社会上有「假开会，真旅游」的不佳观感，后来改由国安会主管每年两次赴国安局与一级主管开会，并下达「情搜指导要项」指令，一直到目前「六零六专案」还是依照这个模式进行。
周刊指出，据国安高层人士表示，在2012总统大选时，国安会秘书长直接下令调查局监控在野党，就是情治系统指挥权出现紊乱的明证，而「六零六专案」就是让国安系统出现危机的元凶。
对此，国安会发出新闻稿澄清说，该报导文中对国家安全会议「六零六专案」之陈述均属不实，特此澄清。去年相关媒体作类似报导时，国安会已立即提出澄清与说明，对于周刊不实报导，实在有失公正客观报导之立场。
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