机密公文案 特侦组起诉陈水扁
针对前总统陈水扁涉嫌侵占国家机密公文案，最高法院检察署特侦组21日上午10点30分召开记者会，宣布侦查终结，将陈水扁依侵占公物、隐匿公务员职掌文书及违反国家机密保护法等罪嫌提起公诉。
特侦组表示，在历经8次启封证物程序、多达33个部会协助会勘43次期日，并动员相关单位暨全部外馆调取相关核定函稿汇整，再经16次就讯被告、讯问证人43人次后，起诉书共计3大册、1,221页、120万1,275字。
起诉书中认定陈水扁于民国97年3月总统大选后，为图日后继续掌握其担任总统职务时所取得之相关公务文书及国家机密资料，以便撰写回忆录，做为自身所涉诉讼案件答辩之依据、搜集相关政治人物之不利事证、转移舆论焦点等用途，竟指示幕僚将先前国安会、国安局、国防部、外交部、调查局等单位所提供之重要或机密文件全数打包，运往扁办。共计侵占、隐匿公务上持有、公务员职务上掌管之文书17,375件(含10,995件一般机密，比例约为64％)，其中并隐匿国家机密文书3,419件(比例约为20％)。
而起诉书中也强调，检察官考量总统为国家最高之领导人，理应为全民表率，竟侵占国家公物、隐匿公务员职务上掌管之文书及隐匿国家机密，其数量之庞大，对国家安全及国防、外交所生之危害甚大；加上被告犯后饰词卸责并诿过于幕僚人员，原应从重量刑。惟本件被告卸任后数月即身陷囹圄，所侵占、隐匿之国家机密文书并未外泄，未酿实害等一切情状，建请法院依法量处适当之刑。
特侦组于民国97年9月25日搜索陈水扁办公室时，查扣44箱、1300余件资料，当中有大批总统府内敏感文件、公文；总统府于99年间也向特侦组告发陈水扁卸任时携走总统府文件。
特侦组分案后，再度搜索扁办及陈水扁当时被羁押的北所舍房，查扣58箱文件。启封后查出包括机密文件及非机密文件688件。其中，部分机密文件中又包含数量不等的公文、函文，实际数字高达上万件公文。