马习会有「机密」档案未交？ 陆委会：有依法归档
前总统马英九与中国国家主席习近平2015年举行「马习会」，《自由时报》则报导指出，相关档案中疑似有关键事项未移交，但遭马办否认。陆委会则表示，陆委会部分是在马政府时期，依据当时国安高层指示及决策办理，相关档案都依「国家机密保护法」办理密等核定及相关规定归档。
针对媒体报导「马习会机密档案未移交」，马英九办公室发言人徐巧芯表示，马英九当时即要求，一切透过两岸官方机制，沟通磋商相关事宜，事前、事后均向国会报告，一切公开透明。她批评，若现在政府党政高层、国安人士认为有「密使」或不可告人之处，应「具名」、「具体」提出证据，告知国人哪个档案没有移交，不要只敢透过特定媒体放话、意图抹黑，令人不齿。
而总统府则指出，据查，国家安全会议在2016年5月20日进行政权交接后，获移交有关「马习会」专案档案，主要内容涵括有本专案大事节略、办理期间行政协调记录、「马习会」当天会议记录以及相关国内外舆情简报等四个部分档案在案。档案记述期间自前陆委会夏立言主委揭露2015年10月14日「夏张会」起至「马习会」会谈结束。
总统府说，由于当年本专案之执行为前届政府执政期间，上述期间及前后，是否有其他文件、纪录应依档案法等规定列入档案并移交，应由前届政府主责者与相关人员澄清说明。
对此，陆委会说明，陆委会部分是在马政府时期，依据当时国安高层指示及决策办理，相关档案都依「国家机密保护法」办理密等核定及相关规定归档。且考量当时社会氛围，陆委会在过程中配合召开记者会对外说明，并多次向立法院提出专案报告。