副手开战／恩师李远哲推教改失败？陈建仁：国民党推的
2016总统大选倒数21天，三党的副总统候选人王如玄、陈建仁、徐欣莹25日率先站上辩论台开战。王如玄在交叉诘问时，用怀疑的语气指出陈建仁的恩师李远哲推教改失败，让现在大学必须面对退场等等问题，问陈建仁怎么看李远哲推的教改、成绩如何？陈建仁则赶紧撇清，表示教改是在国民党时候推出来的，更要看教育部有没有落实教育白皮书的建议，「没有落实就落空。」
第三阶段交叉诘问，王如玄说，她知道陈建仁跟中研院前院长李远哲交情深厚，李远哲更将陈建仁推荐给蔡英文当副手，但接着话锋一转，表示李远哲当年推动的教育改革如今造成影响，大学面对退场，甚至民进党主张用50到100亿院退场转型，但这些都是人民的血汗钱，另外技术人员也遇上断层，种种教改政策，「好像都非回头不可」，质问陈建仁怎么看李远哲的教改成绩如何？孩子负担有减轻？国家竞争力增加了吗？
陈建仁则赶紧澄清，表示教改是在国民党时期推出来的，并有许多小组共同推动，还说教育改革的过程中，提供给政府教育改革的意见，要有真的落实才重要，「没有落实就落空。」
对于大学逐渐退场，陈建仁坦言现在台湾的大学确实数目太多，但是民进党主张大学应该慢慢地跟社区融合，让年轻人就近就学，跟社区产业结合培养产业优秀人才；另外也要注意学术研究的重要，没有好的研发就没有突破性创新，所以顶尖大学还是必须存在，也会继续推动繁星教育，让弱势、偏乡的孩子也有机会进入顶尖大学。
至于12年国教，陈建仁认为，应让所有高中均质化、均优化，让学生减少考试压力，未来才有更好的人格发展；并同意高职的部分应该要加强多元的训练，技职学生跟业师学习的机会，技职教育才能成功。