吴茂昆被柯志恩打趴！赖清德认了请辞原因是违法赴陆
教育部长吴茂昆请辞获准，行政院长赖清德29日受访时证实原因就是因为2005年的时候，吴茂昆当时任国科会主委到大陆参加两场国际会议，第一场结束后转赴浙江参加香港科技大学、浙江大学的的国际学术高峰会议，但这场行政院并没有准，赖清德说，吴茂昆「一直到最近才知道」，还说吴茂昆希望以同一标准检验自己，所以今早他准辞吴茂昆；这同时也印证了国民党立委柯志恩上周对吴茂昆的质疑。赖清德说，吴茂昆身为教育部长，希望标准一致，因此表达希望辞去职务，止住纷争；至于教育部长人选，赖清德说先由次长代理，继任人选，将择日报告。
时间往回推，柯志恩24日在立法院踢爆，吴茂昆2005年担任国科会主委时，经申请后赴中国苏州演讲，但之后却未经申请私下前往参加杭州的会议，已经违法该下台，当时就逼得吴茂昆不大高兴，只说「依法办理，就看行政院长要不要我下台」，如今此爆料也成为吴茂昆的下台原因。
事实上，吴茂昆今日声明也有提及此事，他指出，当时他是前往中国参加了两场国际性会议，当年这两场国际会议的行程，事先都已向行政院提出申请，并循程序签办，而但行政院回函给国科会的公文中，对于香港科大在杭州所举行的国际会议并未准驳。
吴茂昆声明解释，由于该场会议在周六、周日举行，且出席者都是各国科技政策的负责人，因此，当时在朱经武校长当面力邀下，且考量出席会议可大幅增加台湾在科技领域发展的国际曝光度，他才决定转往杭州与会。