财政部支持！第三方支付不再重复溢缴营业税
台湾的网路交易代收转付及第三方支付等业者，每年重复溢缴营业税高达上千万元。对此，中华民国无店面零售商业同业公会邀请相关政府单位及民间业者，共同讨论，财政部赋税署支持并承诺在合约载明代收代付服务下，代收转付业者可在发票备注栏注记代收银行体系的代收金额，业者可针对实际提供服务的金额开立发票，代收转付及第三方支付业者将不再重复溢缴。
第三方支付服务的前身为代收转付服务。民众在进行网路购物时，如使用信用卡支付，这笔购物款项将由银行体系拨付至代收转付的业者，再转交予网路商家，其中代收转付业者在每笔交易进行时收取商家一定比率的服务费用，此费用包含银行体系提供服务的服务费用。
其中，代收转付业者因收取商家服务费用，会开立完整发票给网路商家。惟银行亦收取代收转付业者服务费用，但却未提供完整的发票让代收转付业者进行营业税的进项扣抵。
举例来说，民众在网上购物使用信用卡购买100元的物品，内含约3元为代收转付业者收取商家的服务费用，代收转付业者收取该笔手续费后，会开立3元的发票给网路商店，其中内含银行体系大约2元的服务费用。
惟此银行服务费用，却无开立发票让代收转付业者作为进项税额的扣抵凭证，而以一般收据取代，造成了代收转付业者实际提供1元(3-2)的服务，却要再负担3元为基础的营业税。
实际上银行为特许行业，依法依总额进行营业税的缴纳，于是银行体系缴了税，却无发票开立予代收转付业者，业者即无法进行进项扣抵，造成重复溢缴税额。
为解决营业税重复溢缴税额，科技部长张善政先前担任行政院科技政委时，曾针对电子商务代收转付及第三方支付议题召开科技会报，与银行公会、经济部、财政部及业者等有关单位进行讨论。
财政部赋税署当时亦承诺第三方支付业者于合约载明代收付服务费用及内容，并在开立予商家的发票备注栏内载明代收银行收取的费用，即可进行扣抵作业，但实务上，当时地方国税局却表示不知执行细节，无法允许业者仅针对其服务部份开立发票金额。
对此，无店面零售公会所属的电子支付委员会成员再度邀请财政部赋税署、银行公会、经济部商业司及业者进行讨论，会中得到财政部赋税署再度确认。
针对代收转付及第三方支付业者，在与收款方（商家）合约中有载明代收付行为，则代银行体系收付的金额可以在发票备注栏中载明，业者即可针对实际提供服务的金额开立发票，免除重复溢缴税额。
赋税署亦同意将以个案方式向国税局说明，让业者顺利申报，若业者在报税过程中有任何问题，也欢迎业者直接向赋税署说明遭遇的难题。
无店面零售公会秘书长柏幼林表示，台湾第三方支付估计约有3000~5000亿的市场规模，主要业者均为公会电子支付委员会成员。感谢财政部赋税署同意向亲向地方国税局说明因应作法，避免业者进行代收转付业务时重复溢缴税额。此举除对目前代收转付业者免除了长年以来的重复溢缴税额的困扰外，对于即将通过的电子支付专法规范下的第三方支付业务，税赋将更为公平，有助于日后第三方支付业务的发展。