仅凭一纸协议 难保台商权益
对于台商最关心的三大议题：人身安全、土地拆迁补偿、商务仲裁，大陆方面在此次投保协议中，都明文加以保障。但证诸过去的实际案例，台商权益保障还要视各地政府的重视程度而定。
国台办常务副主任郑立中说，相信在两岸关系和平发展下，「广大的台湾投资者及在大陆投资企业的相关人员，不会涉及国家安全及恐怖犯罪。」
即便如此，台商在大陆却经常因为不了解大陆法律而「误触」法网，被关押后又无法即时通报亲属，造成台商及其家属的身心煎熬。
大陆台商以代工出口为主，因此最常「误触」的法律是「走私」，但对大多数台商来说，大陆所谓的「走私」可能只是台湾所认定的「逃税」；在台湾逃漏税，大多数情况是补税就了事，但在大陆，只要逃税金额在5万元（人民币，下同）以上，就有刑责。但大陆的逃漏税罚则、刑责太重，而且处理过程非常不透明，甚至违反人权。
去年11月，就在东莞台协18周年庆前一天，一位当地台商工厂突然被几名所谓「海关人员」闯入，扣走电脑等「证物」，台商为息事宁人，当场交了100 万港币的现金给所谓「海关人员」。但事后，被害台商向当地海关查询，却没有发现所谓「查厂行动」，被害台商事后也不敢报警追人，平白损失100万港币。
几年前，一位东莞台协副会长也因为「内外帐不清」（内销和外销的库存混杂）被大陆海关判定「走私」，人因此被扣押，期间光是「活动费」就花了1千万，后来还是台商协会四处奔走，才把台商救出来。
事实上，所有广东台商都知道：直到现在，东莞石碣的「台商监狱」（专关在广东犯罪的台湾人）还关押200多名台湾人，其中一半以上是涉及关务（逃漏关税） 而入监服刑。
而根据海基会的统计，从1991年至2009年，台商在大陆面临人身安全的案件数量累计达1854件，其中以人身自由遭到限制为最大宗，10年内就有509件，其次则是失踪案，案件数达341件。
最让台湾人不能接受的是：大陆海关及税务经常「突击检查」，一进工厂就扣押「证物」，这些「证物」经常是电脑、帐册、发票等，如果有台干在场，也一并带走。之后，连台商家属都不知道亲人被带到那里去，失去台干的工厂也只能无限期停工。更有很多家属由于完全不了解情况，想尽办法跨海营救亲人，甚至因为「病急乱投医」而误陷诈骗圈套。
其实大陆政府相当重视台商人身及财产保护，从此次投保协议的内容看，拘留台商的通报时间由48小时缩短到24小时。甚至连大陆民众都难以想像的「投资人对政府」的土地纠纷调解都纳入协议中，但另一方面，仲裁后的执行速度及成效，在大陆行政主导的体制下，恐怕难以完全保障台商权益。
24小时通报无拘束力
2007年，一家东莞台商工厂的陆籍厂长盗卖外销的保税品被查获，金额高达数百万元人民币，情节重大，台商老板从台湾赶去处理，一入境就被拘留。一审判决台商无期徒刑，再上诉后，透过台湾多位立委的关说，才改判2年徒期，由于台商已被拘留1年10个月，因此，判决下来后，并未服满剩下的2个月刑期，就被驱逐出境。此案从台商老板主动从台湾赶回去处理的情况判断，台商老板应该事前并不知道陆籍厂长的犯行，但大陆法官却只采信陆籍厂长的说词。这是因为大陆讲究「坦白从宽」，陆籍厂长因此把台商拖下水，以便替自己争取减刑。
至于24小时通报规定的效力如何？两岸法律扶助协会秘书长林则奘只表示：「如果公安不在24小时内通报，算违法吗？其侦讯所得的证据是否就无效？」在台湾，答案是肯定的，在大陆，则未必。
因为根据大陆公安目前的侦讯程序，抓到台商嫌犯时，都会问：「有无亲友？」，但公安不会主动替台商连系亲友，正常程序是立即通知当地台办。但对台商家属来说，各地台办不会主动连系他们，必须台商亲友自行找台办询问。但大陆那么大，找那里的台办才对？这也是投保协议一定要确立通报窗口的原因。
台湾检调必须在24小时内申请法院羁押，法院如果不批准，检调就必须立刻放人，相形之下，大陆公安的拘留权限很大，最长可以拘留嫌犯达37天。因此，台湾如果被公安带走，失踪十几天，在大陆的司法体制下，都算是「正常」。
37天后，如果因为「案情复杂」，大陆公安还可以延长羁押时间，最多甚至可以超过1年。
最重要的是台湾律师不能出庭，帮台商打民刑事官司，大陆虽然已开放台湾人取得大陆律师资格，但台籍大陆律师并不能接刑事案件，即使是民事案例，也只能接「亲属继承」案件，对于台商最关心的贸易纠纷案例，台籍律师根本没有着力点。因此，即使有投保协议对于台商的人身自由保障，意义并不大。
过去，海基会高层就曾经感叹说：「台商到大陆，没有自己的律师可以帮忙打官司，没有自己的会计师可以帮忙查帐。真的连外商都比不上。」